Djohan Effendi telah wafat tanggal 17 November 2017. Beliau merupakan tokoh yang semasa hidupnya selalu berjuang untuk membangun dialog antar-agama di Indonesia. Meninggalnya beliau merupakan kehilangan yang besar bagi bangsa Indonesia, terutama mereka yang dekat dengannya dan aktif dalam usaha-usaha dialog antar-agama. Akan tetapi, wafatnya beliau tidak serta merta membuat kita kehilangan, ide, pemikiran, dan gagasan-gagasan beliau yang sangat progresif.

ICRP (Indonesian Conference on Religion and Peace) bersama P2KK-LIPI (Pusat Penelitian Kemasyarakatan dan Kebudayaan) LIPI pada Rabu, 10 Januari 2017 menyelenggarakan Djohan Effendi Memorial Lecture I

untuk mengenang Djohan Effendi yang terkenal sebagai tokoh pelintas batas di Indonesia. Acara memorial lecture ini merupakan seri pertama yang diselenggarakan setelah 2 bulan kepergian beliau.

Bertempat di Auditorium LIPI lantai 2, acara ini dihadiri oleh berbagai elemen masyarakat yang beragam, baik suku, agama, etnis hingga profesi. Acara dibuka oleh Deputi Bidang Ilmu Pengetahuan Sosial dan Kemanusiaan (IPSK)-LIPI, Dr. Tri Nuke Pudjiastuti yang menyampaikan bahwasanya acara memorial lecture ini bertujuan tidak saja untuk mengenang Djohan Effendi yang pemikiran-pemikirannya harus tetap dapat diketahui oleh generasi muda, tetapi juga sebagai penyemangat untuk meneguhkan kebangasaan kita. Generasi muda Indonesia yang sekarang ini mudah tersekat-sekat dan terprovokasi atas nama agama perlu meneladani sikap dari Djohan Effendi terhadap orang-orang yang berbeda agama, baik yang menganut agama mayoritas maupun agama minoritas.

Beberapa perwakilan dari agama-agama memberikan memorial service (doa) bagi almarhum Djohan Effendi. Memorial service dari Islam diwakili oleh KH. Husein Muhammad, Penghayat oleh Ibu Dewi Kanti, Katolik oleh Frater STF Driyakara, Baha’i oleh Ibu Rahmi Nur Alam, Protestan oleh Pdt. Gomar Gultom, Sikh oleh Ben Rahal, Hindu oleh Nyoman Sutisna, Konghucu oleh Ibu Liliana Lontoh, Budha oleh Bikhhu Bhadra Uttama. Pada kesempatan ini juga dibacakan puisi untuk almarhum yang disampaikan oleh Bpk. Budi S. Tanuwibowo. Doa yang disampaikan oleh berbagai perwakilan agama tersebut menunjukkan bahwa sosok Djohan Effendi merupakan sosok yang melintas batas, baik agama, suku, hingga etnis.

Adapun Djohan Effendi Memorial Lecture yang perdana ini disampaikan oleh Prof. Dr. Musdah Mulia, M.A. yang mengambil tema “Kemanusiaan Meneguhkan Kebangsaan”. Sebagai pribadi yang mengenal dekat dengan Djohan Effendi, beliau bercerita mengenai sosok Djohan Effendi yang belum banyak diketahui oleh orang. Banyak orang tidak mengetahui bahwa Djohan Effendi adalah seorang PNS (Pegawai Negeri Sipil) yang memulai karir di lingkungan Kementerian Agama. Beliau juga seorang peneliti yang telah mencapai karir tertinggi sebagai peneliti utama. Sebagai sosok yang tidak banyak bicara dan lebih banyak bicara, jabatan sebagai PNS tidak mejadi halangan baginya untuk tetap bersikap kritis. Beliau mendirikan ICRP (Indonesian Conference on Religion and Peace) bersama Gusdur dan tokoh-tokoh dari agama lain. Melalui ICRP, beliau mengadvokasi dan berjuang untuk pemenuhan hak beragama bagi seluruh warga negara. Sebagai sosok yang melintas batas, kenangan terhadap almarhum Djohan Effendi melekat di hati orang-orang dari berbagai kalangan agama, suku, dan etnis. Memorial Lecture ini diselenggarakan oleh ICRP bekerjasama dengan LIPI, khususnya dengan Pusat Penelitian Kemasyarakatan dan Kebudayaan (P2KK) LIPI, untuk mengenang sosok beliau berserta pemikiran-pemikiran beliau yang dapat meneguhkan kembali sikap kebangsaan kita dalam bingkai NKRI (Negara Kesatuan Republik Indonesia). Kebetulan salah satu topik kegiatan penelitian P2KK-LIPI untuk tahun 2015-2019 bertemakan “Pluralitas dan Minoritas; Kajian tentang Penanganan dan Perlakuan terhadap Kelompok Agama Minor di Indonesia.” (M. Saifullah Rohman).